El archipiélago está formado por siete islas y algunos islotes, apenas a una milla de la costa de L’Estartit. Bajo la superficie, grutas fascinantes llenas de coral rojo, paredes espectaculares cubiertas de gorgonias y una riqueza de peces que recuerda cómo debió ser el Mediterráneo en el pasado. Desde que sus fondos fueron protegidos en 1983, la fauna ha proliferado, especialmente algunas especies de peces que alcanzan grandes tamaños y sorprenden al buceador al permitirle una proximidad imposible fuera de la reserva (los confiados meros de las Medes son los famosos pro-tagonistas de incontables fotosubs).
La proximidad a la desembocadura del río Ter, las corrientes del norte que traen nutrientes de río Ródano y la compleja geología hacen que la reserva contenga casi todas las comunidades submarinas del Mediterráneo occidental: praderas de posidonia, coralígeno, cuevas, fondos detríticos, grandes paredes, bloques rocosos, túneles de origen cárstico, etc. Algunos de los puntos de inmersión más conocidos son Tascons, la Cova del Dofí, el Túnel de la Vaca, la Pedra de Déu, el Carall Bernat, etc. La Estación Náutica de L’Estartit cuenta con numerosos centros de buceo que visitan a diario estos fondos. Cada zona cuenta con fondeos fijos y es preciso solicitar un permiso para bucear en la oficina de la Direcció General del Medi Natural de la Generalitat, en el puerto de L’Estartit, y pagar la tasa correspondiente.
El Túnel de la Vaca Este túnel submarino es uno de los lugares más fotogénicos de las islas. Se trata de un amplio corredor submarino, ideal para las primeras inmersiones en cuevas por sus dimensiones y luminosidad. Su nombre proviene de las vacas marinas (focas mediterráneas) que antaño poblaban es tas aguas. El Túnel de la Vaca atraviesa la Punta de la Galera ((al este de la Meda Gran). Mide 30 m de longitud y más de 5 m de anchura. Su extremo sur presenta varias entradas muy amplias entre los 10 y 17 m, que ofrecen bellos contraluces a los fotosubs; en el extremo opuesto, la boca del túnel tiene el fondo a 25 m de profundidad y mide más de 10 m de diametro. Una tranquila visita a estos fondos nos permite contemplar gorgonias rojas (tanto fuera como dentro del túnel), coral rojo, corvallos, meros, congrios, langostas e incluso algún bogavante.
Escondite de piratas Las Illes Medes atrajeron el interés de los navegantes desde siempre, como demuestran los restos encontrados de naufragios griegos y romanos (en la época romana se extraía yeso de la punta del Guix, en la Meda Gran). Durante la Edad Media, la situación estratégica del archipiélago permitía controlar el comercio marítimo de Palamós y Barcelona, y su proximidad a tierra facilitó su utilización como base por los piratas, que se refugiaban en ellas para atacar la costa y retirarse rápidamente.
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